>(プラMetasequoiaのグインとかを使用して)

いきなり誤字ってしまいました…
「Metasequoiaのプラグインとかを使用して」です

Unity特有の事情については細かい検証もしていないのでわかりませんが、一般的な話でいうと、現在MetasequoiaからUVモーフの出力に対応しているファイル形式がglTFとVRMだけになります。
glTFのUVモーフは以前ははっきりとした規格でなかったこともあってか対応ソフトは少なかったですが、現在では規格書にもオプションで対応可能と明記されており、以前よりも改善しているのではないかと思います。

Unityも現在はglTFのインポートができるようですが、UVモーフまで対応できているかは把握しておりませんので、一度動作確認してみてください。

>Unityも現在はglTFのインポートができるようですが、UVモーフまで対応できているかは把握しておりませんので、一度動作確認してみてください。

いちおうあらゆる方法で試しました（メタセコのglTF出力オプションをいじるとかUnity側のインポーターを色々試行錯誤）がどうもうまくいかないようでした…
glTFファイル自体にはちゃんとUVモーフのデータはあるようですがインポーター側がこけたり認識してくれなかったりした状態なので今後のインポータ側の対応を待とうと思います