初めて聞いたソフトですが、簡単に試してみたところ、VRoid Studioで出力したvrmファイルでもテクスチャがずれたりする現象を確認できたので、根本的に当該ソフト側の問題ではないでしょうか？
更新もしばらくされていないようなので、十分な対応は期待できないかもしれませんが、まずは直接作者の方へ問い合わせたほうが良いように思います。

返信ありがとうございました。
別のソフトを試してみます。