FBX出力時にどういった設定にしていますか？
基本的には受け側のソフトに合わせてバージョンを調整する以外はデフォルトのままで良くて、
分岐ノードの挿入：親側のみ配置
出力ポーズ：スキン割り当て時
となっているかどうかご確認ください。
こちらでしたらTポーズのままで出力されるはずです。

確認しましたが、その設定のまま出力しています。

どのソフトで読み込んでいるのでしょうか？
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