4.6.6から4.6.8の間ではボーン機能には何も変更点はありませんので、精度が変わったというのは気のせいではないかと思います。

ただ、ウェイトのインポートは、多少位置や頂点数などが変わってもおおむね復元できるようになっている影響で、変化がない状態でも完全に元通りにはならない可能性もあると思います。もし精度面で気になることがありましたら、データをご提供いただければ弊社で調査いたしますので、お申し付けください。