three.jsのr99アップデートに伴い、古いJSONモデル読み込み機能が非推奨扱いになりました。
これからはTHREE. ObjectLoaderでファイルを読み込む必要があるのですが、
Metaseqoiaの出力するjsonファイルだとうまく読み込めませんでした。
色々調べてみると、three.jsで読み込み可能なファイルの形式がバージョンアップしたみたいです。

ObjectLoaderで読み込み可能な形式
JSON-Object-Scene-format-4
https://github.com/mrdoob/three.js/wiki/JSON-Object-Scene-format-4

Metasequoiaがエウクスポートする形式
JSON Model format 3

大変お手数ではございますが、thre.jsのjsonの新形式に対応して頂けないでしょうか。