>バージョン4.6.9（32bit）を使用しています。
>ファイル→名前をつけて保存→ファイルに種類　の中に、
>[MikuMikuDance format (*.pmd)]が表示されていないのですが、
>どうすればpmdで書き出しできるでしょうか？

ライセンス無しだったらどのみち出力できないけど、ライセンス登録したならなんだろね。

「ヘルプ > プラグインについて」メニューからExportにPMD用の項目があるかどうか、またチェックがついているかをご確認いただけますか。
もしチェックが外れていれば、付けてください。
また項目自体が見当たらない場合、Metasequoia自体を再インストールしてください。