データ量が多すぎて単に時間がかかっているだけか、またはメモリが不足して正常な動作ができなくなっているかのどちらかの可能性が高いように思います。
 - CPUの種類
 - 搭載メモリ
 - GPUの種類
 - OBJファイルのサイズ
をお聞かせいただけますか。

screenshotを添付します。zipファイルは、将来削除します。
http://www.tnt5.com/download/obj_error_screenshot.zip

スクリーンショットを見る限りでは、極端にデータ量が多いというわけでもなく、PCのスペックが足りていないというものではなさそうですが、はっきりした原因はわかりません。
もしGPUのドライバーが古い場合、最新に更新すると改善する可能性もあると思います。

AMDソフトウェアは、定期的に最新のドライバを更新しています。コンピュータをWindows10に変えた後、Metasequoia4大容量OBJファイルの動作ができません。Metasequoia4.6.5バージョンは、Windows 7で問題ありませんでした。ただし、Windows10では、大容量のOBJファイルの動作ができません。
Blender2.79b_x64、Blender2.80_x64_Beta、ZBrush2018.1プログラムは、大容量のOBJファイルの動作に問題はありません。

大容量OBJファイルである場合には、Misc-Sculptは作業が可能です。しかし、Edit-Select、Edit-Moveなどは、作業することができません。

Windows7では、正常であったPluginがWindows10でエラーが発生する現象もあります。Windows10でMetasequoia問題があるかご覧ください。
Screenshot添付します。
http://www.tnt5.com/download/plugin_error_window.png

Plugin - BevelMultiFace
http://bowlroll.net/up/dl32345

>Windows7では、正常であったPluginがWindows10でエラーが発生する現象もあります。Windows10でMetasequoia問題があるかご覧ください。

32bit用のプラグインを64bit版に入れてしまっているのではないでしょうか？
プラグインが32bitならMetasequoia本体も32bit版でないと動作しません。

Websiteに知られているMetasequoia64bit Pluginはほとんど使用しています。すべてのPluginは、64bit版です。他のPluginは、Windows10で正常であり、Screenshot画面に出てくるPluginは、エラーが発生する現象です。そして、Windows 7では、エラーなしで使用可能であったPluginです。
Screenshot添付します。
http://www.tnt5.com/download/x64_plugin_error_window.png
そしてWings3D2.16_x64、XISMO2_2.01などの3D SoftwareもWindows10で正常に動作します。

少し前に、Metaseq469a_Win32_Installer.exeプログラムをインストールしてみました。Windows10で正常に動作します。Metasequoia64bitプログラムは、Windows10で問題があることがあります。検討ください。

32/64bitが間違えていないのでしたら、別途インストールを指示されているランタイムなどを入れていないのではないでしょう？
個々のプラグインについては弊社では詳細わかりませんが、BevelMultiFaceについて確認するとVisual C++ 2012のランタイムをインストールするよう添付ドキュメントに記載されています。
他のプラグインについても同様ではないかと考えられますので、プラグインごとにインストール方法などを再度ご確認ください。

弊社では64bit版特有の問題は確認できておらず、動作中に固まる問題についても、プラグインの中におかしな動作をしているものが含まれている可能性も考えられます。後でインストールしたプラグインを一度すべて外した状態で動作を確認してみてください。

プログラムInstall過程に問題があったようです。今日Metasequoia4（64bit）プログラムをアンインストールした後、Metaseq469a_x64_Installer.exe再度ダウンロードして、再インストールしました。正常に動作します。

今日AMDのドライバを更新した後Metasequoia4（64bit）プログラムで前回と同じ問題が発生します。
Metasequoia4（64bit）の回復、または新規インストールすると、この問題は解決されます。
しかしながら、以下Release Noteを検討してください。

Radeon Software Adrenalin 2019 Edition 19.2.1 Release Notes
https://www.amd.com/en/support/kb/release-notes/rn-rad-win-19-2-1

418KBの容量のファイルを保存する過程で、以下のようなError Windowが発生しました。

Metasequoia 4 Ver4.6.9a (64bit) is running.
Windows version : 10.0  Build:17763  (Windows 10 x64 October 2018 Update)
Number of CPU : 4
Physical memory : 32727 MB
Direct3D11 Driver: AMD Radeon R9 200 Series
    DeviceID: 26640
    SubsysID: 3798996811
    Revision: 0
    FeatureLevel: 11.0
OpenGL Renderer: AMD Radeon R9 200 Series
  OpenGL Version: 4.6.13547 Compatibility Profile Context 25.20.15021.1007
  GLSL Version: 4.60
Error occurred in the rendering.(OpenGL)
Access violation in module atio6axx.dll at address 00007FF89C441C4F, for reading 0000000000000000
0x00007FF89C441C4F atio6axx.dll: DrvPresentBuffers + 17162335 bytes
Memory status
 Physical memory : 33512448 KB
 Maximum undo size : 4188160 KB

推測だが、私のPC、またはグラフィックカードに問題があると見ています。もしかしたら、問題を解決する方法があるか検討してみてください。

以下は、一時的な作業上の感じです。
File -  Configurationで、File -  Embed a thumbnail項目をオフにして作業しました。
編集作業が少しスムーズに進行されているようで、ファイルの保存時に問題が解決される感じです。
もし、Embed a thumbnailがリアルタイムで進行している場合は、編集時に問題になることもできるという気がします。

ビュー上部の表示ボタン内のメニューで、レンダラーにOpenGLを選択していると思いますが、Direct3D 11のほうが高速で安定していることが多いです。トラブルがない限りはOpenGLではなくDirect3D 11を選択してください。

Direct3D 11 では、速度が低下して、意図的に OpenGL を選択して作業していました。
私の PC 環境では、File-Embed a thumbnail の項目で問題が発生するようです。
Embed a thumbnail の項目を無効にし、作業してみると、Direct3D 11 および OpenGL の処理速度が両方、高速なようです。

64bit crashlog検討ください。
Metasequoia464bitは、大容量OBJファイルの点や線を選択する場合には、平均45秒の時間がかかります。
現在はMetasequoia464bitは選択時に時間がかかるので、Metasequoia 4 32bit を一緒に使用します。

http://www.tnt5.com/download/64bit_crashlog.zip

Metasequoia4 32bitも同じ問題が発生します。
他のすべての2D（Adobe Photoshop CS6）と3D（ZBrush、Blender、Wings3D）グラフィックソフトウェアは、大容量のファイルの編集作業や動画制作時にも問題が発生していないのに、Metasequoia 4は問題が発生しています。

R9が手元にないため、比較的近い構成としてWindows 10 64bit + Radeon R7 250Xの組み合わせで最新のRadeonドライバー(Adrenalin 19.2.3)で動作確認してみましたが、Direct3D/OpenGL表示ともに問題は見当たりませんでした。お使いの環境に何か問題がある可能性が高いと考えられます。

まず、GPUドライバを一度完全にアンインストールしてクリーンインストールしてみてください。中途半端に古いファイルが残っているとおかしなことになることがあります。クリーンインストール用にAMD公式では「AMD Clean Uninstall Utility」、サードパーティ製で「Display Driver Uninstaller(DDU)」というソフトがあるようです。

また、Radeonドライバのインストール時に一緒に入る常駐ソフトは外してください。現在はReLiveというソフトが付いてくるようで、こちらは動作確認しておりませんが、過去に同種の常駐ソフトが弊害を引き起こすことがありました。

AMDのドライバをアンインストールして、新たにインストールしても解決ができません。
添付する2つのGIF動画を確認してみてください。
http://www.tnt5.com/download/GIF.zip

GIF1映像は、他のタスクは、正常に動作することです。
GIF2映像は選択関連するすべての操作は、動作しないようです。
他のメニューやコマンドは正常に動作しますが、選択メニューやコマンドは、動作していないことが問題です。
一つ疑われるのは... SSDハードディスクを使用してそのようなことがないか考えてみます。

GIF3, GIF4, GIF5, GIF6, GIF7...他の3D ソフトウェアで同じサイズの OBJ ファイルを選択するテストです。問題は発生しません。
http://www.tnt5.com/download/GIF_34567.zip

GIF動画を見ると、単に時間がかかっているようなので、GPUではなく別の原因があると考えられます。
不用意におかしなプラグインを入れたりしていないでしょうか？
メタセコイアを一度アンインストールし、また通常のアンインストールの手順だけでは設定ファイルやプラグインは残ってしまうので、さらに
C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Roaming\tetraface\Metasequoia4_x64
のフォルダを削除してから、再インストールしてみてください。

教えてくれた方法で除去した後、インストールしたが、解決されません。

metaseqle30.zipプログラムをインストールしてテストした。
大容量のOBJファイルの選択に問題が発生しません。

metaseq410_x64バージョンがマイコンピュータに保管されています。だからインストールしてテストしました。
大容量のOBJファイルの選択に問題が発生しません。

今後時間をあけて...[Download page]で[old version]を一つずつテストします。その後、最終的にどのバージョンで問題が発生していることを確認していくことと思われる。

二つのバージョンをテストした。
Metasequoia465_x64は選択の問題が発生します。
Metasequoia464_x64は正常に動作します。
添付する映像はMetasequoia464_x64バージョンです。

http://www.tnt5.com/download/GIF9.zip

Metasequoia4.7 beta版は、大容量ファイルの選択が正常に動作します。