単に奥側の頂点に吸着しただけではないでしょうか？
スクリーン上でまったく同じ位置に複数の頂点が重なっている場合、どちらに吸着されるかは保証されず、手前に面があるかどうかも影響しません。奥行きに関係なく、単純に2D平面としてのスクリーン上で最も近い距離にある頂点に吸着されるようになっております。

理解しました。選択中の頂点同士で吸着してしまっていると言う事ですね。
だとすると、「複数頂点選択中」のRボタン操作の結果として、選択中の頂点同士がくっつくのは結果として適切では無いと思います。
複数頂点選択中の操作では選択中の頂点以外の、他の頂点へのスナップを優先して頂きたいです。
同形のオブジェクトをコピー＆ペーストしながら配置していく等の作業を行う際にこの機能は非常に便利なのですが、いつの間にか選択中の頂点同士でくっついてしまっていて、形が崩れてしまったまま作業を続行してしまう事がままあります。