モーションを付けるのはメタセコイア内ではできないので他のソフトのことだと思いますが、どのソフトのどのバージョンなのでしょうか。
他のソフトのことはあまり詳細わかりませんが、モーションを付ける前にIKを動かしてみて動作しているかどうか、ボーン構造とモーションが合致したものかなど、もう少し詳細がないと回答も難しいのではと思います。

弊社では少なくとも標準サンプルをPMD出力してMikuMikuDanceに読み込んでも問題ないことは確認しています。

こんばんは。モデリングおつかれさまです。
Metasequoiaバージョン4.7からボーンの仕様が大きく進化し、データ構造が変わったそうなので、その影響かなと思っていますが、当方では以下のような経験をしました。

【対象ファイル】Metasequoiaバージョン4.6以前でボーンを組み込んだファイル
【操作内容】Metasequoiaバージョン4.7.0へ更新後にPMD形式で出力
【出力データの不具合】ボーン接続先が思わぬ所に、など
【対策】Metasequoia4.7で一からボーンを入れ直して解決しました
【備考】不具合は主に帽子用ボーンなど、追加したボーン周りに発生しました。

ウェイト塗りやボーン位置調整など繊細な作業ですので、安易に「ボーンを入れ直しては」とは提案しがたいです…。
まったく別の原因かもしれませんので、ご参考までに。

ご参考：http://www.metaseq.net/jp/archives/1199/
長文を失礼いたしました。