お世話になっており
Metasequoia 4（ver4.8.2）を使用しております

一部の販売データの（主にFBX）を読み込んだ際に
幾つかのモーフが壊れる
正常に読み込めないという症状が出ておりました
色々とテストしたりして恐らく原因だろうというのが
Metasequoiaではモーフをオブジェクトで作るため
FBXを読み込んだ際に同じモーフ（ブレンドシェイプ）の名前が
あると破損したり、作られなかったり
オブジェクトの中に作成してしまうようです
blenderやunityだとそのまま使えてしまうので
中々気がつかない

これの問題はどのモデルで発生して
どの部分が読み込みでおかしくなるかは
試してみないと分からないだと思います
またモーフ対応の他のモデル形式でも発生する可能性もあります
なので、読み込む際に確認や変更出来る機能か
同じ場合に、リネームしてモーフが作成されるようになると
とても助かりますので

よろしくお願いします。