直接の連携機能はないですが、ペイントソフト側でファイルを保存すれば、Metasequoiaのウィンドウをアクティブにした途端に画像が自動リロードされるので、それで事足りないでしょうか？

・Metasequoiaの3Dペイントでは不可能な多様なブラシが使える。
・2Dベースでテクスチャ画像をペイントするより，は3Dとなった場合にどうなるか把握しやすい。
というメリットが有ると思います。