オブジェクトは、頂点番号というものを持っていてそれを元にベースのモデルとモーフターゲットを結びつけています。
例えば、オブジェクトを半分に分割してミラーリングして戻すと頂点数は同じですが頂点番号は変わってしまっているのでモーフ変形を刺せると異なる場所に頂点が移動し爆発します。

Metasequoiaは、頂点を追加したときにベースモデルに反映するなど多少の編集に対してはベースモデル側を修正してくれる機能がありますが、大きな変更を加えると壊れます。

その場合、どうするかというと例えば他のツールでは情報の転送機能などがあるのでベースモデルに対して、UV情報を参照して形状を転送するというような機能をつかいベースモデルの頂点番号が一致するモーフターゲットに修正するような機能があります。

現在、メタセコイアにはそういったオブジェクトの変形に対する転送機能は無いので別のツールやスクリプトを作成して対応することになります。