Mayaでは、メッシュにスキンを設定するときに指定したボーンをバインドすることが出来ます。
例えば、ボーンA、B、Cがあった場合にメッシュAにはボーンAとBしかウェイトを当てる必要が無いならばバインド時にボーンAとBを選択してバインドされているボーンを指定されたボーンのみに絞ることができます。
メタセコの、ボーン機能ではスキンを設定するメッシュを指定する機能はありますがこの際にどのボーンをバインドするかの設定が無い為、恐らく全ボーンがインフルエンス（バインドされたボーンのことを指す）として登録されています。
現在のメタセコはこの指定がなく、Mayaで出力したFBXを読み込み調整して出力すると、Mayaなどで意図して特定のボーンのみをバインドした情報が消え全ボーンがバインドされて出力されてしまいます。
この問題を解消お願いしたいです。
つまり、メタセコでもメッシュに対してどのボーンをバインドするかをボーンリストから複数選択してバインドが出来るように、また一度設定したバインド情報に対象ボーンを追加、削除する機能の追加です。
以下は、Mayaのバインド時のオプションの引用です。
https://help.autodesk.com/view/MAYACRE/JPN/?guid=GUID-CF2C698A-44BB-4CA0-BCB9-DB36500DA812
引用：
バインド対象(Bind To)
スケルトン全体にバインドするか、または選択されたジョイントのみにバインドするかを設定します。次のオプションから選択します。
ジョイント階層(Joint Hierarchy)
ルート ジョイント以外のジョイントを選択した場合であっても、選択された変形可能オブジェクトがスケルトンの階層に沿ってルート ジョイントからスケルトン全体にバインドされるように設定します。キャラクタのスキンをバインドする方法としてはジョイント階層全体のバインドが一般的です。
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これが既定の設定です。
選択したジョイント(Selected Joints)
選択された変形可能オブジェクトを、スケルトン全体ではなく選択されたジョイントのみにバインドするように設定します。
オブジェクト階層(Object Hierarchy)
一番上のノードから下までノード階層全体で、選択したジョイントまたはジョイント以外のトランスフォーム ノードに選択した変形可能ジオメトリがバインドされるように指定します。ノード階層にジョイントが存在する場合は、そのジョイントもバインド対象となります。このオプションを使用すると、ジオメトリのピース全体をグループやロケータなどのノードにバインドできます。
注: オブジェクト階層(Object Hierarchy)オプションを使用する場合、バインドの最初のインフルエンスとして選択できるのは、スキニング不可のジョイントまたはオブジェクトだけです(たとえば、グループ ノードやロケータ。ジオメトリのピースは不可)。
Mayaの影響の指定のメニュー
https://help.autodesk.com/view/MAYACRE/JPN/?guid=GUID-9B2EF2CB-25AF-431D-8A53-62311A08B9ED
引用：
影響を編集(Edit Influences)メニュー
このトピックでは、4 つの影響を編集(Edit Influences)オプションについて説明します。
スキン > 影響を編集 > インフルエンスの追加(Skin > Edit Influences > Add Influence) >
スキン > 影響を編集 > インフルエンスの除去(Skin > Edit Influences > Remove Influence) >
スキン > 影響を編集 > 最大インフルエンス数の設定...(Skin > Edit Influences > Set Max Influences...)
スキン > 影響を編集 > 使われていないインフルエンスの除去(Skin > Edit Influences > Remove Unused Influences) >