VRM対応最新のβ版を試させて頂きました。

前後反転対応ありがとうございます。
メタセコの座標系で修正作業ができるようになり大変便利になりました。

>出力時の前後反転は諸事情に見送り
とあったのですが、修正後にそのままVRM0.xとして出力するとアバターはVRMとして逆向きで正しいデータとして使えないので、今後のアップデートで0.xエクスポート時は、メタセコの座標系からVRM0.xの座標系の仕様に戻すというのが入ると
読み込み＞形状修正＞出力＞そのままデータ利用
が可能になるので、今後のアップデートで対応していただけるとありがたいです。

アウトラインについて、VRM0.xはセンチメートル単位、VRM1.0はメートル単位でアウトラインの単位を仕様としては扱われています。
https://github.com/vrm-c/vrm-specification/issues/167

メタセコのVRM1.0 MToonはワールド座標をmmとして扱っているためVRM1.0のデータを読んだ時は、0.0008mとして設定されていた値はメタセコ上では0.8mmとして出ます。
しかし、VRM0.xのデータを読んだ場合は仕様のセンチメートル単位の0.08とう値がmmに変換されずそのまま入っているようです。
これは、VRM0.x読み込み時にシェーダーで単位をmmとして扱うなら0.8に変換される必要があります。

VRM0.xのデータをボーン設定でVRM1.0にし、手動で値を0.8にして出力したところ同じ太さになりました。

これは、VRM1.0のデータはインポート時にメートル単位からミリ谷に変換されているが、0.xのデータはインポート時にミリ単位に変換処理が入ってないだけだと思うのでご確認いただけるでしょうか。