>VRMボーンのコンストレインが動作していない気がします。

Metasequoia 4内でということでしょうか？
コンストレインは設定が可能なだけで、ボーン編集中には影響せず、出力時にのみ利用されます。

VRMプレイヤーには反映されていると思うのですが(three-vrmが対応してくれているはず）、特定のボーンのみを動かせないこともあって当方でも確認はできておりません。


>あとコンストレイン、メタ情報などが、ボーンの追加や
>アンドゥで消えてしまうようです。

Ver4.8.7で修正しました。設定消失ご迷惑おかけしました。

>VRMのIKがどう設定していいか分かりません、ヘルプをお願い致します。

IKはスキニングモードでIK先のボーンを動かしたときに動作します。
あとPMD出力にも反映されるのですが、glTFやVRMにはIKがないため、VRM編集が目的の場合は設定する必要はありません。