ご報告ありがとうございます。フリーズするのは最初の投稿の方に限らずなのですか…
Windows10 + NVIDIAのGPUの組み合わせで起こるのか、それとも何か別の要因があるのかわかりませんが、何か少しでも手がかりが得られればと思います。

始めは問題なかったという点が気になり、使用中に何か変更した設定項目が関係している可能性もなくはありません。
設定ファイルはアンインストールしても残ってしまうので、
C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Roaming\tetraface\Metasequoia4_x64
フォルダ内にある「Metaseq.setting.xml」をいったん別のフォルダにコピーするなどしてバックアップを取ってから、このファイルを削除して、それから起動したらどうなるかご確認いただけないでしょうか？

もしそれで改善したら、設定項目に起因していることになるので、その設定ファイルをいただければこちらで調査できると思います。

改めて色々設定を変えながら試してみたところ、こちらでも再現できたかもしれません。
かなり組み合わせが複雑なのか限られた条件でしか発生しないようですが、少なくとも半透明表示の「奥行きを正確に」がオンになっているのが一つトリガーになっているようです。
なるべく早く詳細突き止めたうえで、対策施したいと思います。

問題個所の特定が出来たので修正したのですが、お使いの環境で改善されているかどうかがわかりませんので、こちらを一度お試しいただけないでしょうか。
https://metaseq2.sakura.ne.jp/metaseq/metaseq487c_x64_prerelease.zip

zipファイルを展開後、先にお伝えしたMetaseq.setting.xmlファイルをMetaseq.exeと同じフォルダへコピーすると、おおむね同じ状況で利用できると思いますので、大変お手数ですがご確認いただけると幸いです。
何卒宜しくお願い致します。

>フォルダ内にある「Metaseq.setting.xml」をいったん別のフォルダにコピーするなどしてバックアップを取ってから、このファイルを削除して、それから起動したらどうなるかご確認いただけないでしょうか？

問題なく動作することを確認しました。

設定項目に関して、普段から「奥行きを正確に」をオンにして使用していました。
ただ、稀に誤操作で表示設定をリセットしてしまうことがあったので、たまたまアップデートの前後のみ当該項目がオフになっていた可能性もあります。

>問題個所の特定が出来たので修正したのですが、お使いの環境で改善されているかどうかがわかりませんので、こちらを一度お試しいただけないでしょうか。

確認できた範囲では、不具合発生前と同じように問題なく動作しました。
迅速なご対応、誠に有難うございます。

ご回答ありがとうございます。おかげさまで解決につなげることができました。
Ver4.8.7cとして正式にリリースしましたので、インストーラ版をお使いでしたらこちらをご利用ください。