4.5.0以降でボーンリストを[ボーン]表示モードでご利用でしょうか？
MMDテンプレートを使う場合は[ノード]表示モードのほうをご利用ください。
これによりMMD上と同じ構造でボーンをリスト選択することができます。

なおdummyについてですが、MMDの仕様により分岐箇所ではリスト上で先頭にあるボーンを通常のボーン、
それ以外をダミーとして扱う必要があります。

返答ありがとうございます。
ノード表示にすると階層はMMDのように表示されますが
たとえばMMDの初音ミクをインポートした時
モデルのボーンのつながりはそのままで、やはり上半身動かした時肩がついてこないのですが
これは仕様なのでしょうか？

PMDをインポートして動かすと添付画像のようになります。

ボーンリストの表示モードに関わらず、現在はノードではなくボーンが選択単位となっております。
このため、ボーンリスト上で分岐のあるノードを選択した場合でもボーン１本のみ選択され、
上半身の場合は首へとつながる部分のみとなるため、この状態で操作した場合に肩への影響ありません。

現在はノードにぶらさがる子ボーン全部を一括操作する方法は用意しておりませんが、
今後の改良項目の候補の一つとしては挙がっております。

Ctrlキーを押しながら中心（黄色）を動かせば移動できる。
回転の場合中心（黄色）が隠れてしまうので、ファイルの環境設定・選択操作・ハンドルの回転ハンドルの形状を3方向軸に変更すると解決します。

ブラシで塗るときたぶんつねに前面判定になってると思うのですが
こまかい所がなかなか塗れません。
これも前面のみ表示かどうかによる塗り分けにしてほしいです。