>何かを変更して終了する際、ちゃんと保存しているにも関わらず「保存しますか？」のダイアログが表示されます。

4.5.1で無駄に表示されないよう修正しました。

追記させていただきます。

これはモーフ設定の有無に関わらず起こる様です。
また、前述した物以外にも、
ボーンの表記名の違い、ズレ等も起きてしまいます。

ＰＭＸエディタ上で読み込んだ時の画像を添付いたしますのでご確認ください。
左が以前の時で右がver.4.5の時です
どちらも、同じmqoデータをメタセコイアでPMD出力しています。

お手数をお掛けしますが、確認の程よろしくお願い致します。

4.5でボーンの構造が若干変更になった影響で、4.4以前の旧バージョンで作成したボーンデータをそのまま扱うことができません。
対策を検討しておりますが、現時点では旧バージョンで作成したデータについては4.5ではなく前のバージョンでご利用ください。

バージョンは4.5β2でもそのままですがこれは仕様なんでしょうか?
ジンバルロックになるとか?

β3以降で引き続きお願いします。

使える軸が限定されてしまうのでX軸も他の軸と同じ範囲で設定できるようにしてほしいです。

選択できないというのは面の選択ができないのか、コピー用のメニューが無効化されていて押せないのか、どちらでしょうか？
前者ならおそらく編集オプションの[面]がOffになっていると思われます。
後者なら
・別のソフトでまったく別の項目（テキスト・画像など）をコピペしてから再試行
・Windowsの再起動
といった操作で直るのではないかと思います。

私も同様の現象が過去に幾度かありました。
ある一定のポリゴン数以上になるとコピー＆ペーストできなくなるというもので、metasequoiaの設定ファイルを破棄すると正常に動作するようになりました。
何らかの原因で設定ファイルが壊れたか、意図せず誤った操作でコピー＆ペーストできない設定をしているみたいです。
設定ファイルはインストーラー版の場合、通常であれば
C:\Users\ユーザー\AppData\Roaming\tetraface\Metasequoia4
この階層におかれているiniとxmlを捨ててmetaequoiaを起動すると新しくリセットされた設定がつくられます。

>メタセコ自体を入れなおしても直りません。
設定ファイルを破棄してから再インストールされたでしょうか?
設定ファイルが残っている状態では再インストールしても前回の状態が引き継がれるので意味がないと思います。

管理者様のおっしゃる後者の方だったのですが、対処のどちらを試してもダメでした。
3日程その状態だったので、代わりの64バージョンではコピペをしていましたが32bitバージョンでは直らず…。

mqouser様のおっしゃるようにxmlを破棄したら直りました。（iniは何故か無かったのですが）
本当にありがとうございます！
実は過去ログで同じような方の書き込みを見ていたのですがiniが見当たらないし
何年も前の書き込みだったので当てはまらないのかと思いこちらでお聞きした次第です。

管理者様に質問なのですが、意図的にその状態に出来るのでしたら、解除する方法もあるのでしょうか？
それとも設定ファイルを破棄してリセットした方がいいのでしょうか？
今後また同じ状態になった時の参考にお聞かせ頂けると幸いです。

>管理者様に質問なのですが、意図的にその状態に出来るのでしたら、解除する方法もあるのでしょうか？
>それとも設定ファイルを破棄してリセットした方がいいのでしょうか？

弊社では現象を確認できないためわかりかねます。
削除する前のxmlファイルをBBSに添付して投稿するかまたはメールでいただけませんか。
(なおiniファイルは昔のバージョンで使用していましたが、現在はありません）