>[拡大]では回転角を入力する欄がないためオブジェクトのローカル座標に関わらず常に編集オプションのL/Sに依存した向きに、
一方[回転]では編集オプションに関わらず（Sの場合は一時的にですが）回転角もローカル座標に合わせて変えることができるというだけです。

丁寧に説明していただきありがとうございます
完全ではないですけどだいたいわかりました。今の自分には必要性が少ないもののようです
モデリングの方に勤しみたいと思います長々とお付き合いあらためてありがとうございました。

PMD材質の再検証をしましたら、私の方が間違っているようです。大変申し訳ありません
4.5beta1　PMD入力→PMD出力は誤差の範囲で正常と思われます。失礼しました

4.5beta1　根本基準対応有難うございました。

無事展開することができました。ありがとうございます

返信が遅れましてまことに申し訳ありません。
4.4.0で修正、となっておりますが、私が申し上げました内容は変化無しでした。
shiftかctrlを押せば元にもどるので、そのうち治るだろうから気長に待とうと思い、HP内「変更点についての詳細」のチェックを怠っていました、すみません。

私自身この症状の頻度は高くないためどうやって発生しているのかはわかりませんでしたが、私の環境で100%発生する手順が見つかりましたのでご報告申し上げます。
1,「近接する頂点をくっつける」「ペイントパネル」のショートカットを ctrl + shift + E や ctrl + shift + alt + p など ctrl + shift を含んだものにしておく。
2,選択コマンドないし「全て選択」などでいくつかの面や頂点を選択する。
3,移動コマンドに変え、ハンドルを表示しておく。
4,1の操作どれかを行う。
5,4の成否(くっつける等)にかかわらずハンドルが回転ツールのリング状のままになる。
6,複数の頂点や面を選択している場合、ハンドルに触れないように操作すれば移動はできるが右クリックマージが効かない。一度化けたらハンドルを消しても、別の面や頂点を選択しても戻らない。
7,ハンドルが表示された状態でctrlかshiftを1回押すか、ツールを切り替えるなどすれば元に戻る。

　全ての組み合わせを試したわけではありませんが、ctrl + shiftを含むショートカットを設定した場合にハンドル化けが発生するかは動作によって違うようです。「近接する頂点をくっつける」「ペイントパネル」では化けが発生しますが「材質を指定」「材質パネル」では発生しませんでした。
　「ハンドルの表示が正常な状態で右クリックマージした直後に4番の操作をしてもハンドルは化けない」「ハンドルが非表示の状態で4番の操作をしてもハンドルは化けない」など、化けにいたるにはいくつか条件がある模様です。
　メタセコイアがより良くなるための一助となれば幸いです。

>スキャンデータだと穴が開いていたりはしませんか？
>4.4で新ライブラリの導入により精度自体は向上しているはずですが、オブジェクトが穴のない一枚皮の状態になっていることが条件となります。

meshmixerとメタセコイアを併用して使っています。MeshMixerの一括穴埋めを使って穴埋めし、一部加工後メタセコイアで修正加工しています。今日はすべてうまく行きました。ブーリアン機能は向上しているのですね？ ありがとうございます。 こちらの操作ミスもあるかもしれませんので、もう少し様子を見てみたいと思います。

ナイフでは確認できましたが、エッジの追加では対称にならないです。
ナイフでも何度か切っていると添付した画像のように面が消えてしまうことがあります。
どこにも接続されていない頂点が残っていてopenGL表示のときだけ表示されています。
このデータを保存するとその頂点はなくなります。
画像の時点ではオブジェクトパネルでは12頂点ありますが、一度保存して開いたデータでは10頂点になっています。
バージョンは4.4.3です。