バージョンの記載を忘れていました。
ver.4.4.1_32
Win7

意図してではないですが、Direct3D 11ではGPUを活用して表示を可能な限り高速化するために
Direct3D 9とは異なる描画方法を行っており、この過程で辺の表示などで見た目に違いが生じることがあります。
速度を落とさず表示も正確にできる方法がないものか思索はしているのですが・・・今のところは現状のようになっております。

D3D11でないと出来ない表示や表現もあるでしょうし、高速化と合わせ裏腹な部分があるのですね。
見た目はD3D11の方が綺麗ですが、現状モデリングツールとしてはD3D9表示が安定してるので、用途・場面に合わせD3D11と切り替えて使用していくようにします。

改善項目としてMizunoさんが認識されてるようなので、気長にお待ちします。

4.4.2で速度をほぼ維持したまま、辺の選択表示がDirect3D 9とほぼ同様になるよう改善しました。
これで実用上は特に困ることはなくなったと思います。

>UV操作の格子変形の初期配置で、ハンドルの右に表示される文字が、D3D9で表示されないようです。

若干環境依存もあるようですが、4.4.2でおそらく修正できていると思います。

追加です。
ver4.4.0から動作がおかしいみたいです。

>画面のどこかをクリックすまでポーズの変化が反映されません。
詳しくはボーンは変形しますがポリゴンの変化が更新されていないです。

追加です。
opensubdivかcutmull-clarkで曲面化しているオブジェクトだとポーズの変化が反映されないみたいです。
他の曲面化の形式や[簡]ボタンがおされている状態では正常でした。

>keynoteでタイムラインのスライダを動かすと画面のどこかをクリックすまでポーズの変化が反映されません。
曲面とミラーを使っているモデルは、optionのミラーをフリーズ、曲面をフリーズをONにし再起動すれば正常に動いています（よ？）。ので現状がベストという気がします
簡単ボタンがメタセコVer3の時より機能するみたいなので違和感（矛盾解消）がでてくるのではないでしょうか
（Ver400～Ver4.3.4に戻すのが面倒だったのでVer3.16と比べました）
自作モデルや某かこみきモデルでIK・モーフ・ボーンモーションに問題は見つからなかったです

>曲面とミラーを使っているモデルは、optionのミラーをフリーズ、曲面をフリーズをONにし再起動すれば正常に動いています（よ？）。ので現状がベストという気がします

表示更新の仕組みを若干変えたことによる副作用で、別件にも挙がっていますが
[頂点を平ら・凸凹にする]で表示更新されないのと同じ問題となります。
回避策として簡易表示ないしフリーズすれば大丈夫なのですが、
本体側での修正により次のリリースで解消予定です。

>曲面とミラーを使っているモデルは、optionのミラーをフリーズ、曲面をフリーズをONにし再起動すれば正常に動いています（よ？）。ので現状がベストという気がします
曲面をフリーズしないで使用を前提としているケースもあると思います。
keynoteでは細かいボーンウェイトの設定が出来ないので荒いポリゴンを曲面化した方がリギングしたときに綺麗に変形してくれます。
過去のプラグイン資源の利用は当然として、プラグイン製作者のモチベーションにも関わることなので新しいバージョンでも古いバージョンで作られたプラグインの再現性は確保してほしいです。

追加で以下のも必要かなと思いました。

■ミラーフリーズしたUVを配置する場合にUVの向きが逆になってるのを反転して配置

例えば、添付画像の上の展開したやつがミラーをフリーズしたモデルを自動展開で再配置したUVなのですがフリーズされた箇所のUVが向きが元の状態のまま再配置されています。
これを元にノーマルマップ等作った場合法線情報が反転してしまうので、再配置する際に元のメッシュとUVを照らしあわせてUVの向きが反転してるUVを反転してメッシュに対して正しい向きになるようにして欲しいです。


また、1番目の要望の重ねてるUVがバラけないで再配置するオプションがほしいというのは添付画像の下のような状態に再配置してほしいということです。
添付上のようにフリーズした部分がバラバラにならずに再配置前に重なってるUVをそのままバラさないで再配置する感じです。
添付画像はフリーズ前に再配置しました。

■面（UV頂点）を選択してるUVのみ回転して配置するオプションが欲しい

現状自動回転して配置する機能はありませんが、回転して詰め込んだほうが詰め込み具合がいいので回転して詰め込みする機能にも対応してほしいのですが、その際全部回転するととても描きづらいUVになってしまいます。
なので、予めこのUVは回転して配置されてもいいなと思う接続されたUVをCtrl+Shift+Lで選択しておき、それらは回転されて配置されるオプションが欲しいです。
回転角度90度単位が好ましいと思います。

上記2点新たに追加要望となります。
UV再配置機能かなり便利なので、オプションが充実していってもらえればと思います。

>■ミラーフリーズしたUVを配置する場合にUVの向きが逆になってるのを反転して配置
こちら、もちろん意図して反転させて配置したい場合もあるのでオプションでチェックを付けたらそうなるようになるのがいいですね。

すみません。追加です。
Win7は64bit、メタセコイアは32bit版です。

マウスはどちらの製品をお使いでしょうか？

>マウスはどちらの製品をお使いでしょうか？

MS製の無線マウスです
↓
http://shop.hikaritv.net/shopping/commodity/plala/5410053255/?sid=g_shopping_redirect_00K&cid=pla

同型機が調達できていないので検証はできていませんが、原因と考えられる箇所に修正を行いました。
別の機種では動作が改善しているので、一度ご確認いただければ幸いです。

上はVer4.4.2での話です。

>direct3D11表示で頂点を平ら・でこぼこのスライダーを操作してもプレビューに反映されません。

4.4.2で画面が更新されるよう修正しました。

>材質設定の反射光と周囲光をRGB指定している場合にPMDシェーダの材質を選びなおしてもプレビューが切り替わりません
>出力PMDやmqmファイルの数値は問題ないようです
>添付ファイル：全部同じ色（青）赤　黄　緑　PMD以外（青）を選択した後だけ表示が変わるようです
>Ver4.4.1

4.4.2で修正しました。

>基本図形で立方体を作成し切れ目を入れず自動展開アルゴリズム：有機体向けを実行する時だけ強制終了するようです。周知のようにも感じましたが一応報告
>他の基本図形や他のアルゴリズムで落ちることはないようです

Ver4.4.1にて改善確認しましたが、添付ファイルの歪ませた立方体を展開したものを同じく切れ目を入れず有機体向けを実行すると強制終了しました。現在の切れ目・6方向を選択すれば問題無いです
あら捜ししているわけではないのですが、報告は大事なことですので

4.4.2で添付いただいたデータでは落ちなくなっていると思います。
ただ、あらゆるデータで問題がないかまでは保証は難しいです。
強制終了の問題は別にして、閉じた形状に対しては切れ目を入れないとまともに展開されないので、
処理前にメッセージが表示されたときはいったんキャンセルして切れ目を入れ直したほうがいいでしょう。