こちら問題が一つありました、環境設定のマッピング画像フォルダのパスが空白だと「常に相対パス」に設定していても絶対パスになってしまうようです。
こちら、マッピング画像フォルダのパスが空白でも相対パスになるように対応お願いします。

当方の環境では多くの環境で検証できないので質問した次第なのですが、出来る範囲で調べてみました。
添付の画像の説明になります。
1.ノーマルマップの素材となるバンプテクスチャ
2.gimpのプラグインでノーマルマップに変換。画像はプレビュー画面で上からライトを当てています。(普段はこの方法で作っています)
3.2で変換したテクスチャをmetasequoiaでノーマルマップとして適用。上からライトを当てていますが上下が逆になっています。
4.vidroでレンダ。こっちも上下が逆に適用されています。
5.vidroではレンダ画像をノーマルマップとして出力する機能があるので球体をレンダしてノーマルマップとして出力。
6.metasequiaで適用。上下は正しく適用されました。

この結果からするとノーマルマップを作る側に問題があったようです。もっともプラグインに反転オプションがあるので困りませんが。
Lightwaveと当方のvidroで確認がとれたのでmetasequoia側に問題はなさそうですね。お騒がせしました。

返信ありがとうございました。

分かりました。今まで何の疑問もなくサンプルのポリゴンや
テクスチャーの入ってる場所に保存してきたのですが
それは間違った使い方だったのですね。

どうもお手数おかけいたしました。

詳細ありがとうございます。
どちらとも将来的に指定出来たら良いと思いますが、今回私の方での要望は上記で書かせて頂いた最大解像度制限の方です。
％で縮小率の指定もご一考して頂ければと思います。