対象ボタンがonになっている状態で操作していませんか?

そうだったのですね、下のほうで質問させていただきましたが
新規材質の不具合というのはこのリンク間違いによる症状のようです
結果的に問題が解決しましたので報告しておきます

なるほど、正常に動作しているという事ですね、
一切変更を加えていない状態かどうかはわかりませんが
ベータ版をダウンロードするところに書かれている
「Ver2.4への上書きは行わずに、展開したファイルをそのまま使用してください。」
という文章がよく理解できませんでしたので上書きして使っていました。

ウィンドウのサイズや位置が反映されない件ですが
こちらではWindows7でサイズはキープできていますが
ウィンドウの左上座標が少しずつ左方向に移動してしまいます。
ウィンドウまわりのAPIやOSによってこの挙動が変わってくるのかもしれません

Ver3.0 Beta11でDelキーの動作も改善しました。

大変お世話になっております。
遅レスすみません。

最近βを見ていなかったので、今頃になって気づきました。
原点周りの回転はよく行う操作だったので、大変便利になりました。

おっしゃるとおりで詳細設定を開かなくても変更できるようになるとうれしいです。
ただ、パネルが大きくなってしまっても邪魔になるので難しいですね。
２つ思いついた実装方法がありますので書いておきます。
■１つボタンを用意して、ボタンを押す度に中心が変わる。
　　選択中心－＞ローカル中心－＞原点中心－＞選択中心・・・
■ハンドル中心を"Ctrl+ダブルクリック"で中心が変わる。
　　選択中心－＞ローカル中心－＞原点中心－＞選択中心・・・

また、選択の状態が変更されるまでは中心の状態を覚えてくれた方が便利だと思います。

さらに、移動についても、ローカル座標系で移動する機能があると便利だと思います。
（ローカル座標系が傾いているときにそちらへ移動する）

参考になれば幸いです。

似たような要望なのですが、
オブジェククトパネル上で、複数選択に対応にして頂き保存したいオブジェクトを選択し、選択したオブジェクトだけを保存する機能が欲しいです。
MAXなどである、選択の書き出しという機能と同じです。

オブジェクトパネルでの複数選択は以前にも出したのですが、
これに対応していただくと上記のような機能や、複数選択して一気に曲面化やミラー等を掛けるようにできるのでかなり楽になります。
また、複数選択に対応すると不要なオブジェクトを複数選んで一括で削除したりオブジェクト順序を複数一気に入れ替えれることができるのでかなり行える操作が増えると思います。

オブジェクト設定を開いた状態でも、複数選択して同じ設定を一度に反映できると右クリックから設定できないスムージング角度の設定等も一括で設定できるので楽です。
こちらの方は、材質設定がすでに複数選択対応して同じような処理を行っていると思います。

材質パネルも、上記のオブジェクトパネルの複数選択と同じように複数選択できると削除やソートが楽になると思います。

別スレにするか悩みましたが一応こちらに書いてみますので、
分けた方がいい場合は別に立てます。

上記の方ご検討頂ければと思います。

メモリ不足になっていたようです。

Ver3.0 Alpha10でメモリリークの修正と、メモリ管理の方法を改良してメモリ不足になりにくいようにして、安定性を向上させました。

アドバイス通り、プラグイン作者さんに連絡をしてみたところ、
不具合やエラーといったものではなく単に自分の知識不足が原因でした。
アドバイスをいただいた方本当にありがとうございます。