You should be able to transfer bone weights this way.
1. Create object C by duplicating object B, which will be integrated into object A.
2. Integrate object B into object A.
3. From Object A, select the vertex of the integrated Object B part.
4. Select object C from the object panel to open the bone panel.
5. Perform bone panel → skinning → duplication → transfer. At this time, the option to apply only to the selected vertex is enabled.

この方法でボーンウェイトの転写ができるはずです。
1.オブジェクトAに統合する予定のオブジェクトBを複製してオブジェクトCを作ります。
2.オブジェクトAにオブジェクトBを統合します。
3.オブジェクトAから、統合されたオブジェクトBの部分の頂点を選択された状態にします。
4.オブジェクトパネルからオブジェクトCを選択してボーンパネルを開きます。
5.ボーンパネル→スキニング→複製→転写を実行します。このとき選択頂点のみに適用のオプションを有効にします。

当方の環境では32bit版でも問題は確認できません。
お使いのOS、GPUは何でしょうか？
また、32bit版のほうに純正以外の常駐型のプラグインを入れていないでしょうか？

回答ありがとうございます。

>また、32bit版のほうに純正以外の常駐型のプラグインを入れていないでしょうか？

ご指摘の通りプラグイン（コマンド系の物）を外すと落ちなくなりました。
かなり昔のプラグインなので４の仕様と合わない部分があったのかもしれません。
お手数をおかけしました。

glTFはその名の通りglTF形式への出力用、pxr***シェーダはRenderManでレンダリングするためのシェーダとなっております。
どちらもプレビュー用としても利用でき、最も細かい設定ができるという点ではPxrDisneyが綺麗な表示になるかもしれませんが、プレビュー画面には反映されないパラメータも多いため、使いやすいとは言えません。
その点では従来通りのPhongか、または物理シェーディングに対応したglTFのどちらかがプレビュー向けのシェーダとして使用しやすいと思います。
あとは、複数の材質に分かれずにオブジェクト全体が単一の質感でもいいのならシェーダを設定するのではなく、MatCapを使う手もあります。

glTFシェーダやMatCapについては弊社サイト内の記事をご参照ください。
http://www.metaseq.net/jp/archives/988/
http://www.metaseq.net/jp/archives/294/

https://3d.nicovideo.jp/works/td59135
宣伝に一個作品を置いていきます。フル・メタセコイアです。

もう一個、要望です。
ちょっと前に文字列を3Dで出せるようになりましたが、縦書きってプランは無いでしょうか。
表現の幅が広がるのでぜひご一考お願いします。

>それで、ボーンを持ったファイルを複数同じアプリケーションのインスタンスに読むのですが、

こちらは既にボーンがある状態で、ボーン付きのmqoファイルを挿入したということでよろしいでしょうか？

4.7.0からファイルの挿入時にもボーンを取り込めるようになりました。ただし、挿入時に同じ名前のオブジェクトがある場合、既存のオブジェクトに合成ではなく、新規オブジェクトとして取り込むようにする必要があります。

>暇があったら、オブジェクト・レイアウターなんか作ってみたりしないでしょうか。

オブジェクト・レイアウターとは何のことでしょうか？
一般的な用語でない名称を記載いただいても内容がわかりませんので、具体的にどういった機能なのか、なるべく詳細にご記載ください。

雑文申し訳ありません。

1つ目の記述について、
メタセコイアのアプリを新規に立ち上げて、ボーンを持ったファイルを複数読んだ場合の話です。
その場合というのは、ボーンはアプリケーション内で1種類しか持てないのでしょうか？
エディションはスタンダードです。
最初からこう書ければよかったです。

2個目の記述について、
オブジェクト・レイアウターは、造語になりますか。。。ふむ。
それはオブジェクトをレイアウトするモノです。
メタセコイアファイルをガンガン読んで配置してレンダリングする感じです。
ボーンを複数扱うとか、配置に便利な機能もってるとか。配置することに特化を目指した新しいアプリです。
あったらいいなーという妄想デス。
プライオリティは低いので、暇なときにどうでしょうか。
現状でもできますが、投稿しているときは、そういうものがあったら便利だなぁと思って書きました。

雑文申し訳ありません。

>メタセコイアのアプリを新規に立ち上げて、ボーンを持ったファイルを複数読んだ場合の話です。
>その場合というのは、ボーンはアプリケーション内で1種類しか持てないのでしょうか？

実際に試せばすぐわかると思いますが、ファイルを挿入すると単にボーンが追加されます。種類という概念はありません。
また挿入時にオブジェクトを合成してしまうと、追加されたボーンにウェイトが割り当てられませんので、新規追加する必要があります。

また、追加されたボーンに同じ名前のものがある場合、こちらはそのまま同じ名前のボーンが複数ある状態になりますが、その後のファイル出力などの際に不都合が生じるケースがありますので、名前を変えておくほうが無難です。

>ボーンを複数扱うとか、配置に便利な機能もってるとか。配置することに特化を目指した新しいアプリです。

有償・無償ともに既に様々なソフトがあり、Mayaなどの従来からのCGソフトのみならず、最近はリアルタイム系としてUnityやUnrealEngineといったゲームエンジンも活用できる状況となっています。
そのため、メタセコイアはモデリングにのみ特化して、複数のオブジェクトを含めたシーンの構築やレンダリングには他のソフトと連携しながら利用することをお奨めしています。