お世話になっております。

早速ですが、Ver.2.4.8において、Direct3D表示の場合、
マテリアルのカラーマップにアルファチャンネルを含む画像ファイル（32bitPNG形式等）
を割り当てると、そのマテリアル自体の不透明度が反映されなくなります。
OpenGL表示ではちゃんとカラーマップの不透明度とマテリアル自体の不透明度がモジュレートされているので、
おそらくDirect3Dのテクスチャステージステートの設定がデフォルトのままになっていると思われます。
ですので、

pD3DDevice->SetTextureStageState( 0\x2c D3DTSS_COLOROP\x2c D3DTOP_MODULATE );
pD3DDevice->SetTextureStageState( 0\x2c D3DTSS_COLORARG1\x2c D3DTA_TEXTURE );
pD3DDevice->SetTextureStageState( 0\x2c D3DTSS_COLORARG2\x2c D3DTA_CURRENT );

pD3DDevice->SetTextureStageState( 0\x2c D3DTSS_ALPHAOP\x2c D3DTOP_MODULATE );
pD3DDevice->SetTextureStageState( 0\x2c D3DTSS_ALPHAARG1\x2c D3DTA_TEXTURE );
pD3DDevice->SetTextureStageState( 0\x2c D3DTSS_ALPHAARG2\x2c D3DTA_CURRENT );

のような感じでポリゴン RGBA とテクスチャ RGBA をモジュレートするように変更していただけますでしょうか。
（2.5betaで既に改善されているのでしたら申し訳ないのですが）