自分は下記環境でテストしてみましたが、アルファチャンネル付き32bitテクスチャ（PNG形式）
はきれいに表示されています。

Windows Vista SP1
AMD Athlon X2 5600+
NVIDIA Quadro FX 570
DirectX 10
Metasequoia Ver.2.5 Beta14

Miznoさんのブログや付属のupdate.txtに記載されてありますが、
Ver.2.5 Beta13からはDirect3D8でなくDirect3D9（シェーダモデル2.0）対応になっています。
ご使用のグラフィックチップはメーカーによればDirectX 9.0c対応となっていますが、
シェーダモデル3.0以前のGPUは、4.0以降と違い、すべての機能をハードウェアレベルでサポート
していなくても「対応している」と謳うことができていた時代なので、Direct3D9の機能の一部が
使えないために表示がおかしくなっている可能性があります。

オンボードで3DCGを作るのは不可能とは言いませんが、基本はデスクトップ機でQuadroあるいは
FireGLを使うのがベストだと思います。
これを機に新調されてはいかがでしょうか。

おかしな誤解があるといけないので説明を入れますが、
動作検証マシンには945GM Expressよりも一世代前の915GMも使っていますので、
ドライバの不具合がない限りは表示面で違いがでることは考えにくいことです。
透明マップにバイリニア補間がかからない不具合は既に確認しており、
次回更新時に修正予定です。

また、CPUやGPUの性能が高いほうが良いのは当然ですが、
ビデオ機能がオンボードのPCでも快適に動作するように設計しているつもりです。
高価な最新マシンでなくても、ノートPCを含めて数年前のPCでも十分にお使いいただけます。
買い替えが必要になるのは、扱うポリゴン数が多くなって動作が重くなったときでしょう。

なおQuadroおよびFireGLでは動作検証はしておりませんので、
これらのビデオカードを公式として推奨することはありません。

32bitのアルファチャンネル付きカラーマップではなくアルファマップのことだったんですね。
大変失礼しました。

>ビデオ機能がオンボードのPCでも快適に動作するように設計しているつもりです。
>高価な最新マシンでなくても、ノートPCを含めて数年前のPCでも十分にお使いいただけます。

出過ぎたことをして申し訳ありません。確かにMetasequoiaはそもそも軽量・高速でコストパフォーマンスが高いことが売りでしたね。

自分もノートPCでMetasequoiaに触れたことが3DCGを始めるきっかけだったことを忘れていました。
どうかご容赦ください。