すみません、このプラグインはすでに使用していて標準での対応として依頼となります。

プラグインの問題点をこちらに書いても仕様が無いのであえてプラグインの方には触れなかったのですが、プラグインの場合MQOを開きなおすと毎回設定をしなおさないという問題があるため、メタセコの標準機能として搭載してもらい両面の設定をMQO内に保持し開きなおしても両面状態が維持したいというのが一番の目的となります。

一応、プラグインの作者にもMQO毎の設定ファイルを出力しプラグイン起動時にそれを読み込むという要望もあげていますがお時間が忙しいようで実現が難しそうなので、そもそも両面表示というものがMetasequoia本体にあっていいのではないかと思いこちらに要望としてあげさせて頂きました。