発生頻度としてはどの程度でしょうか？
実のところ一時期頻発していたのですが、最近は起こっていなかったので、症状が改善されたか、環境や設定依存のものかなと考えていました。
ただ、頻度が高いようなら原因を再度追求しないといけないようです。

こちらも同様にa6終了時に今の所１００％エラーが出ます。
a5に戻すと問題ありません。
とりあえずOSはXPなのです。

こちらも100%再現のようです。
なにも操作も行わずに終了した場合にも発生しています。
metasequoia側のエラーログが出なかったので役に立つか解りませんがOS側のエラーログを添付します。
環境はwin7pro 64bitです。

問題の署名:
  問題イベント名:    APPCRASH
  アプリケーション名:    Metaseq.exe
  アプリケーションのバージョン:    3.0.0.106
  アプリケーションのタイムスタンプ:    00000000
  障害モジュールの名前:    Metaseq.exe
  障害モジュールのバージョン:    3.0.0.106
  障害モジュールのタイムスタンプ:    00000000
  例外コード:    c0000005
  例外オフセット:    003abd03
  OS バージョン:    6.1.7601.2.1.0.256.48
  ロケール ID:    1041
  追加情報 1:    0a9e
  追加情報 2:    0a9e372d3b4ad19135b953a78882e789
  追加情報 3:    0a9e
  追加情報 4:    0a9e372d3b4ad19135b953a78882e789

Alpha7で問題を回避できていると思うのですが、どうでしょうか？
こちらの環境では元々再現性が低い問題だったので、一度確認いただけると幸いです。