Beta3での変更点ですが、インポートプラグインから利用できるよう変更点がいくつかあります。

Create***UserData()のプラグインIDに常駐型・コマンドプラグイン以外のものを指定した場合、
プラグインがアンロードされた後もユーザーデータが保持されるようになりました。
ドキュメントが破棄されるか、明示的にDelete***UserData()を呼ぶまでは削除されません。
例えばインポートプラグインからCreate***UserData()を呼び出す場合、
ホストとなる常駐型プラグインのIDを指定して管理を委ねるか、
自身のIDを指定して管理者がいない状態で使用するかのどちらかとなります。

また、Create***UserData()に識別子として任意文字列も指定するようになりました。
実際にはプラグインIDとセットで判別されるので、例えば"Weight"のようなありがちな識別子を指定しても
他のプラグインとはIDが異なるので、重複ではなく別データ扱いになります。
同じIDと識別子で呼び出された場合は、新規作成ではなく既存のユーザーデータIDを返すように変更になりました。
生成せずに既に存在するかだけを調べるFind***UserData()も追加されたので、
これでインポートプラグイン・常駐プラグインのどちらでCreate***UserData()を呼びだしても、
同じように扱うことが出来ると思います。
インポートプラグインでユーザーデータを先に用意しておき、常駐プラグインのOnNewDocumentが呼ばれたら
ユーザーデータがあるかどうか調べて適切に処理することができるかと思います。