細かい操作手順がはっきりしませんが、
1.移動コマンドで頂点Aを適当に画面上で動かす
2.[絶対]での頂点Aの座標をメモしておく
3.頂点Bを選択してメモした座標を入力し[OK]
4.近接する頂点をくっつける
のような手順でよろしいでしょうか？

とりあえずこれで合っているという前提で話を進めますが、
まず[絶対]で表示される座標の数値は小数点３桁以下が四捨五入されたものということを念頭に入れておく必要が有ります。
つまり手順1で適当に移動した後に例えば[123.45]と表示されていた場合、123.445以上123.455未満のどこかにあります。
しかし手順3で入力した座標は123.450000となり、ここで２頂点間には最大±0.005の誤差が生じる可能性があります。
くっつける距離を0.00にしたら、誤差がその距離より大きくなるため頂点はくっつきません。
そのため、くっつける頂点は誤差を考慮して0.01程度にする必要があるということになります。

次期バージョンでは小数点の表示桁数の自由度が高くなりますが、表示桁数以下の誤差がなくなるわけではないので、非常に細かい数値を扱う上で誤差に気をつける必要がある点には変わりはありません。