まずメタセコイア内とPMDについてボーンの構造の違いを理解する必要があります。
例えば２本のボーンが親子としてつながっている状態を説明すると、
メタセコイア：
●
| bone1
●
| bone2
●
PMD：
● bone0
|
● bone1
|
● bone2
とメタセコイア上では骨自体に計２つ、PMDでは骨の両端の接点に計３つに名前が割り当てられます。
現状の4.3.4ではメタセコイア上でつけた名前はPMDへは先端（下側）の接点に付けられ、一番上のルート（上例ではbone0）の接点には「センター」が自動的に命名されるようになっています。
（メタセコイア上のボーン名を先端と根元側どちらにつけるのが理想的なのかは弊社でも判断難しいところですので、ご意見あればいただきたく）
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また、PMDではその仕様の制約上、ボーンを「見た目の上で」分岐させることができません。
実際には内部では分岐構造も持つこともできるので、PMD向けのテンプレートボーンでも腰のあたりから両肩に分岐しているのですが、
表示上は腰からは首・頭へつながるボーンがつながって表示され、肩から腕へのボーンは独立しているように見えます。
このためPMDで分岐を持たせる場合、つなげて見せたいボーンをボーンリストでの順序が先頭になるようにし、それ以外の子ボーンはつながっていないように見えることになります。
（あくまで見えないだけなので、分岐元のボーンを移動・回転すると連動します）