アンインストーラの仕様上の都合のため、コントロールパネルからのアンインストールでは設定ファイルとライセンス情報は消えません。
そのため、完全に初期化するには
・ライセンス情報の消去（ライセンス入力時と同じダイアログ内で）
・コントロールパネルからのアンインストール
・設定ファイル用フォルダをまるごと削除
の順に行う必要があります。

設定ファイル用フォルダはVer3系でWindows 7の場合、
C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Roaming\Metasequoia
となります。
追加したプラグインもここに含まれます。
このフォルダは隠しフォルダになっているので、必要に応じてエクスプローラの設定を変更しないと見えないかもしれません。