メニュー［選択部処理 > 面を一時的に隠す］で手前の面を非表示にしてください。

やはりそうするしかありませんか。
透過してペイントできるモードを希望します。ご検討お願いします。

透過とはどのようにするのでしょうか？
もしクリック位置の頂点で判定させるとしたら、手前の面へのペイントがしづらくなってまともに操作できなくなると思いますが・・・

別の方法としては、一時的に根元からボーンを思いっきり動かして、別のボーンと重ならない位置でペイントする手もあると思います。

tark氏の要望とは違う場面かもしれませんが、
肘や膝などボーンでポージングした状態で
期待する変形となるようウエイトのペイントを
したいとき、肘裏や膝裏など面が重なる部分や、
他ボーンのウエイトの影響でいくつかの頂点が
奥まってしまった場合など、
ペイントが困難な時が良くあります。

その場合、ペイントしたい頂点がビュー上で
直視できるよう、慎重な視点移動、
もしくは一旦ポージングを緩めて
奥まる頂点をペイントして、
また目的のポージングに戻して、
と工数がかかります。

例えば裏面ポリゴン表示をオンにしている場合は
手前に来ている周囲の頂点とあわせて
奥まった頂点もスムージングペイント
できるなど、できると良いのではないでしょうか。

現在はクリック位置から背面へ回り込むようにはペイントされないようなので、確かに困るケースもあると思います。

ボーンも動かしたくないということでしたら、さらに別の手として、視点パネルで前面クリップの値を調整するというのもあります。
これで手前の面が見えなくすることで、その奥にある面へペイントできるようになります。

>もしクリック位置の頂点で判定させるとしたら、手前の面へのペイントがしづらくなってまともに操作できなくなると思いますが・・・

手前の面だけ塗りたいときであれば現在のモードで構いません。手前も奥も同時に塗りたいときに不便であるので、「透過してペイントできるモード」を希望しました。
たとえば細い紐状のものや、細かく入り組んだ構造といったものでは、透過ペイントできなければ塗り漏れになります。いちいち面を非表示にしてなどいられません。
「ブラシ」ではなく「頂点」のペイント機能を使えと言うことなのかもしれませんが。

>ボーンも動かしたくないということでしたら、さらに別の手として、視点パネルで前面クリップの値を調整するというのもあります。

ご冗談でしょう。

>たとえば細い紐状のものや、細かく入り組んだ構造といったものでは、透過ペイントできなければ塗り漏れになります。いちいち面を非表示にしてなどいられません。

そのような複雑な形状で奥にある頂点をうまく選択できるものなのでしょうか？
また奥にあるとウェイトを色で確認することもできず、実用として厳しいから、現実的な他の方法を提案しているのですが・・・

>そのような複雑な形状で奥にある頂点をうまく選択できるものなのでしょうか？

ブラシというのは、多くの場合では一定範囲をざっとに塗るための機能と理解しています。
「頂点をうまく選択する」必要があるとは思いません。

もし頂点ごとに細かく塗り分けたいのであれば、そのときは細かいなりの手間をかけるでしょう。
ブラシをサイズを絞るなり、頂点ごとに選択するなりして。

>また奥にあるとウェイトを色で確認することもできず、実用として厳しいから、現実的な他の方法を提案しているのですが・・・

色はおおざっぱに見るためのもので、厳密に確認するための物ではありませんよね。
ちゃんと確認するためには、ボーンを動かして移動量を見ます。
または数値的に確認します。（現状これはスポイトで吸うしか手段がないように見えますが…）