>メタセコで作り、PMXエディタなどで剛体ジョイントなど編集。

PMXエディタで一度作った分類はCSVで一時保存（各リスト右クリック＞CSV）できます。（材質、ボーン構造、頂点モーフ、材質モーフ、ボーンモーフ、表示枠、剛体、JOINT）
※PMXEでウエイトの再調整材をしていたり、材質名・ボーン名を変更しないかぎりD＆Dしただけで再設定できます
（※剛体を設定した後にJOINTだけ別にD＆Dしないと設定できない仕様。）

>MMDでモーションを作ったりした時に、テクスチャが気に入らなかったり、凡ミスなどが発覚、その剛体やジョイント情報を残したままメタセコで読み込むとレイヤー情報が統一され、細かな作業は難しくなってます。

オブジェクトは一つになるけど、剛体やJOINTの情報を残したままメタセコには、読み込めません。もちろん書き出しも出来ません
上記（CSV）のことにより、再びモデルを読み込む必要はない。ゴミ箱ぽいっ
PMD/PMXモデルは、オブジェクト別に管理されていないので編集しやすいようには読み込めません
PMXエディタしか互換性のあるソフトはないので再度メタセコで読むとおかしくなります

>MMDを使っている方、どうやってメタセコで修正してますか？

もう一度メタセコイアから修正して、PMXEでCSV再設定すれば短時間で再テストが可能です
メタセコ（モデリング、UV、モーフ、ボーン、ウエイト）→PMXE（材質調整、頂点モーフ、材質モーフ、ボーンモーフ、表示枠、剛体、JOINT）→[T]Transform・MMDで確認→修正箇所を確認してゴミ箱ぽいっ

>何か良い方法や自分はこうやってますなどありましたらよろしくお願いします。
>理想としてはメタセコ→PMXやMMD→メタセコ→PMX、MMD→以下繰り返し