バージョンアップお疲れ様です。
4.6はまだ数時間触った程度ですが、問題が発生したので取り急ぎ報告します。
①スキニング時のブラシの「ぼかし」の挙動がおかしい（反応したりしなかったりで斑になる）。
メタセコやPCを再起動しても直りません。別のデータでも同じです。
オプションはリニア・ボーン制限２・自動正規化ON（PMD用／Ver 4.59ならこれで普通に塗れる）。
私はこれがないと作業できない為、4.59に戻しました。
②格子の変形ボタン押下時に分割数（＆選択フィット）を変更出来なくなったのが不便（仕様変更？）
頻繁に条件を変えて使う為、一々初期設定ボタン押すのが面倒なのと、格子の頂点が表示されている
方が視認性が良いという理由で、変形ボタン押下状態で数値指定する事が多かったのです。
頂点を動かした直後に即フィットし直して、分割数を変えてまた変形…という事もよくやります。
これらがテンポ良く出来なくなった為、格子ツールの作業速度が大幅に低下してしまいました。
③Matcap表示時にテクスチャが表示されなくて困る（不具合でなく仕様変更ですが）。
本来の使い方ではないと思いますが、造形中の形状把握やリアル系シェーダーでの表示をイメージ
するのにMatcap表示を多用しています（コンスタント系の表示から一瞬で切り替えられるので便利）。
一般にはVerupによる改善になるのかもしれませんが、個人的にはテクスチャが無いとイメージが
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狂うので、せめて以前のように表示できるオプションが欲しいです（要望タグの方が良いかな？）。
とりあえず、現状で気になった点は以上です。
②③は仕様のようですし、ストレスが貯まるものの我慢できる範囲ですが、①は私にとっては致命的
な問題です（②も地味に痛いですが…）。
お忙しいところ恐縮ですが、この点だけでも修正をお願い出来ますでしょうか。
＜環境＞
Windows7 Pro SP1 64bit
Core-i7 3770s、16GB、GTX960
メタセコ 4.6EX 32bit