altさん、ご回答ありがとうございます。
複製を使ってアーマチャーの情報を破棄したオブジェクトでも
頂点カラーをテクスチャへ変換できませんでした。
アーマチャーだけでなくメタボールもできないみたいです。
他のツールを併用して実現できないか色々試した結果
以下のような方法でアーマチャーの頂点カラーを
テクスチャに変換できるようになったので、一応ご紹介します。
(他にもっと良い方法があるかもしれませんが)
1.アーマチャーで作成したオブジェクトをobj形式で保存
2.保存したobjファイルをSculptrisというツールで開く
3.SYMMETRYボタンを押して、オブジェクトを左右対称にする
(左右対称にしなくても良いが、しないとテクスチャが若干崩れる)
4.PAINTボタンを押してマッピングを実行する
(Resolutionという目盛はできるだけ大きくする。あとTight mappingにチェックを入れる)
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5.EXPORTボタンを押してobjファイルを保存し直す
6.保存し直したobjファイルをメタセコイアで開く
7.頂点カラーを設定し直す
8.頂点カラーをテクスチャへ変換
こうすると、問題なくテクスチャに変換できるようになりました。
バージョンアップで修正があると良いですが、暫定的な方法として使っています。