ポリゴンメッシュだけならばmetasequoiaからobj形式でエクスポートしてblenderでインポートするのが一般的ですね。
obj形式はblenderに限らず大抵の環境で対応しているはずです。
ボーンを含む場合はfbx形式でできますね。ただしEX版が必要になります。

ご返答ありがとうございます。モデル(ボーン、ウェイトあり)を保存するときにfbx形式にファイルを保存したのですがこれで問題ないのでしょうか？この後のやり方がわかりません。結局 プラグインというものをしなくてもインポートするのに特に問題ないということなのでしょうか？
自分は今 試用ライセンスを使っています。

>この後のやり方がわかりません。結局 プラグインというものをしなくてもインポートするのに特に問題ないということなのでしょうか？
blenderのインポートメニューでfbxを選択してファイルを指定すればできるはずです。
本体にプリセットされている機能なのでプラグインはいりません。

私の方で検証したところfbxのバージョンが違うせいかblenderでfbxをインポートできませんでした。(fbxエクスポートプラグインで変換しています)
fbxがダメだったときは次善の策としてpmx形式でのインポートを紹介します。

1)pmxコンバーターでpmx形式に変換します。
MqPmxConvert
https://bowlroll.net/file/101683

2)blenderにpmxインポーターを導入します。
mmd_tools
https://github.com/sugiany/blender_mmd_tools

3)blenderで変換したpmxをインポートします。

迂遠な方法ですがpmd形式は陳腐化が激しいのでpmx形式を利用してインポートしています。metasequoia本体でもpmxを対応してくれるとよいのですが。

訂正です。しっかり検証してから書くべきでした。
pmxコンバーターでの変換がうまくいかないみたいです。metasequoiaのバージョンの影響ですかね?

1)metasequoia標準機能のPMD形式で出力します。

2)出力したPMDをPMXエディタでPMX形式に変換して保存します。(なにもせずに新規保存すればpmx形式で保存されます)
PMXエディタ
http://kkhk22.seesaa.net/category/14045227-1.html

3)blenderにpmxインポーターを導入します。
mmd_tools
https://github.com/sugiany/blender_mmd_tools

4)blenderで変換したpmxをインポートします。

この方法でやってみてください。
この方法の欠点としてはスキニングモードがBDEF2しか使えないのでボーンウェイトはボーン二つまでのウェイトブレンディングしかできません。
頂点数の制限が65535に設定されているのでハイポリゴンモデルもダメです。

追記
pmxコンバーターでの変換が失敗するのはmqoデータ側の問題でした。
オブジェクトに含まれるなんらかの条件で失敗するらしいです。
正常に変換されるデータもありますが確実な動作が保証されるものではありませんね。
fbxがダメならpmxで、pmxがダメならpmdでエクスポートしてそれぞれインポートしてみてください。

›fbxがダメならpmxで、pmxがダメならpmdでエクスポートしてそれぞれインポートしてみてください。

教えて頂いた全てのことを実行しようとしたのですが、アプリケーションが開きません。「DO you want to view information about this issus」と表示されます。互換性トラブルシューティングを実行してみたのですがそれでも開きません。自分が使っているwindowsのバージョンは１０です。pmdエディタの方も実行してみましたがやはり開けませんでした。
してwindows１０では上記の二つはまだ対応していないのでしょうか？

>pmdエディタの方も実行してみましたがやはり開けませんでした。
>してwindows１０では上記の二つはまだ対応していないのでしょうか？
pmxエディタが使えないということでいいんでしょうか。

1)必要なランタイムをインストールします。
.NET Framework4.0 (3.5以下もインストール推奨)
DirectXランタイム
Visual C++ 2010 再頒布可能パッケージ
Visual Studio 2013 Visual C++ 再頒布可能パッケージ
この四つが必要になります。win10であれば.NET Frameworkはインストール不要です。
C++ 再頒布可能パッケージは64bit版があれば十分ですが、念のため32bitも入れておいてください。
DirectXランタイムはwin10であればオフラインインストーラーでインストールしてください。webインストーラーは使えません。
インストールはここを参考にしてください。
http://futago-life.com/wife-support/pc-repair-resale/directx9-0c-for-windows10.html


2)pmxエディタの圧縮ファイルを解凍する前にファイルを右クリック→全般タブ→セキュリティ→「許可する」にチェックを入れて適用。
これをしないと起動時にエラーメッセージがでます。

3)pmxエディタを起動します。32bit版のpmxeditor.exeと64bit版のpmxeditor_x64.exeの二種類の実行形式のファイルがあります。特に理由がない限り64bit版を使ってください。

EX版でFBX出力時に[FBX binary]を選択していれば、Blender(バージョン2.79)で特に問題もなくインポートできると思います。
変換ツールを間に挟むのはデータの一部が失われれるなどお勧めできませんので、複雑な手段を使わずとも普通にFBX出力するだけで大丈夫です。

質問と要望なんですが各ファイル形式のボーンやモーフといった機能の対応状況はどうなっているでしょうか。
製品紹介のページに追加してほしいです。

>質問と要望なんですが各ファイル形式のボーンやモーフといった機能の対応状況はどうなっているでしょうか。

各ファイル形式の対応項目はヘルプに記載してありますので、そちらをご覧いただけますでしょうか。