モーフ関連のアクセスについては次期バージョン(4.7?)にて対応予定です。

親オブジェクトの設定は、まだドキュメントに登録されていないオブジェクトであれば、MQDocument::InsertObjectで親または兄弟の後ろに来るよう追加してから、SetDepthで親の1つ下の階層を指定することで可能です。
ただ、既にドキュメントに追加済みなら、順序の入れ替えを行うAPIがないので、親の設定し直しもできないということになりますね。

返信ありがとうございます。
了解いたしました。4.7 のリリースをお待ちしております。
親オブジェクト設定や順序の入れ替えを行う API も追加を検討していただけると幸いです。

4.70 でモーフの情報にもアクセスできるようになったのを確認できました。ありがとうございました。

モーフのAPIについては純正の入出力プラグインで必要な分の機能しか用意していないので、〇〇ができないとかあるかもしれません。不足している機能がありましたら要望としてお寄せください。
（順序入れ替えのAPIもまだ用意していませんでしたね・・・）

了解です。いい機会なので、これまでに欲しいと思った機能などを列挙しておきます。
前提として、私はメタセコイアのモデルをリアルタイムに Unity にインポートするプラグインを作っています。(MeshSync: https://github.com/unity3d-jp/MeshSync ) SDK の用途としてはやや特殊かもしれません。

- モーフのターゲット毎のウェイト値を取りたい
  リアルタイムにプレビューするのが目的なので、これができるとなお嬉しいです。その上でウェイト値変更の時に MQStationPlugin の OnUpdateUndo() や OnObjectModified() で通知があるとさらにありがたいです。

- MQStationPlugin の OnUpdateUndo() や OnObjectModified() で、変更があったオブジェクト/マテリアルを取得したい
  現状 MeshSync では OnUpdateUndo() が呼ばれたら無条件で全オブジェクト舐めているのですが、実際に変更があったオブジェクトに絞れると大きく無駄を省けます。
  (余談ですが、OnObjectModified() はマテリアル編集時には呼ばれないので OnUpdateUndo() で処理を行っています)

- SDK のサンプルに MQDockFrame & MQDockWindow の使用例が欲しい
  自作のウィンドウを、オブジェクトパネルやマテリアルパネルのようにメインウィンドウにドッキング可能にしたかったのですが、やり方が分からなかったので断念しています。自作の MQDockFrame にしかドッキングできなそうな気がしたので早々に諦めたというのもあります。いずれにせよ、サンプルを用意すべきだと感じました。
  また、もしメインウィンドウにはドッキングできないのであれば、ドキュメントにその旨明記しておいた方がいいように思います。( 私に限らず、MQDockWindow という名前を見てやりたくなるのはまずそれだと思われるので)

便乗ですいませんが、MQWidgetはドキュメントやサンプル(WidgetTest)だけでは動作がよく分かりません。現状はトライアンドエラーで各Widgetの動作を調べるしかなく、とても効率が悪いです。
MQWidgetの部分だけでもいいからソースを公開してもらえないでしょうか?
それができないのならば、ドキュメントをもっと細かく書くか、サンプルをもっと増やして欲しいです。

あとSDK4.7からEnumStringの戻り値がconst char *からconst wchar_t *になっています。ためしにwchar_tで返すと文字化けします。SDK4.7bataまではconst char *なのでSDK4.7が間違っているのはなでしょうか?