4.6と4.7ではボーン名周りの仕様は特に変わっていないのですが、一つだけ違うのは、PMD向けのモードになっていると英語のボーン名が付いているとボーンリストには自動的に日本語名に変換されたものが表示されるようになっています。
以前は英語表示のままだったので自分で日本語に変えていたのが、それを単に変えていないだけではないでしょうか？

MMD用テンプレートを適用したときも、「ボーン設定」内の名前入力欄には英語のままですので、PMD以外の形式で日本語名で出力したい場合は自分で名前を変えれば大丈夫だと思います。
新しいモデルを作るたびに毎回名前を書き換えるのが面倒でしたら、名前を変えたものをテンプレートとして登録しておけば２回目以降の手間もかかりません。