こんばんは。モデリングおつかれさまです。
Metasequoiaバージョン4.7からボーンの仕様が大きく進化し、データ構造が変わったそうなので、その影響かなと思っていますが、当方では以下のような経験をしました。
【対象ファイル】Metasequoiaバージョン4.6以前でボーンを組み込んだファイル
【操作内容】Metasequoiaバージョン4.7.0へ更新後にPMD形式で出力
【出力データの不具合】ボーン接続先が思わぬ所に、など
【対策】Metasequoia4.7で一からボーンを入れ直して解決しました
【備考】不具合は主に帽子用ボーンなど、追加したボーン周りに発生しました。
ウェイト塗りやボーン位置調整など繊細な作業ですので、安易に「ボーンを入れ直しては」とは提案しがたいです…。
まったく別の原因かもしれませんので、ご参考までに。
ご参考：
http://www.metaseq.net/jp/archives/1199/
長文を失礼いたしました。