軸より手前に面があれば、軸が隠れるのが普通です。（そうでないと立体感が非常にわかりにくくなります）
実際には面が軸より奥にあるものを見間違えているのではないでしょうか？

ご返信ありがとうございます。
You Tubeの解説動画を見ながら、基本図形→立方体→２つの面をＬ字形に残して残りの面を削除→その２つの面を反転→下絵を貼り付け……という手順で操作しました。動画と全く同じ手順を踏んでやってみました。
画面をぐるぐる回転させて面と軸の位置関係も確認しました。確かに面より軸が手前にある状態です。
２つの面を残して他の面を削除した段階では、残った面は外側を向いていて、軸は面の手前に見えている状態です。
ところがその２つの面を反転させた途端、面の手前だけ軸が消えてしまいます。でも解説動画では軸はきちんと見えています。
試しに、基本図形で平面をxy平面に作成してみましたが、やはり面に重なるx軸とy軸は消えてしまいます。さらに、z軸はその平面より上でなくなってしまいました。
メタセコイアを再インストールしてみましたが直りませんでした。

文章だけでは状況がよくわかりませんので、弊社サポートまでメールにてスクリーンショットなどをお送りいただけますか。

メイン画面左上の「表示」タブから「レンダラー」の項目で「Direct3D 11」の設定になっていたものを「Open GL」に変更したら面の手前にある軸が消えずに表示されるようになりました。
「Direct3D 9」に変更しても軸は表示されました。素人なので理由は分かりませんが、ご相談に乗ってくださりありがとうございました。

ひとまず大丈夫なようですが、Direct3Dのみ表示がおかしいということでしたら、GPUのドライバが古い可能性があります。
GPUドライバを最新に更新すれば解決するかもしれません。

横から申し訳ございません
私の環境でもそれらしい現象がでるみたいです。

サポートの方にスクリーンショット等お送りいたしましたので
確認いただければ幸いです。

「デバイスマネージャー」から「ディスプレイアダプター」のところに Intel と NVIDIA GeForce の２種類見つかりましたので両方ともドライバーを更新してみました。そのあとメタセコイアを開き、面を生成してみましたが、「レンダラー」の項目で「Direct3D 11」を選択すると、やはり面の手前のみ軸が消えてしまい、「Direct3D 9」と「Open GL」を選択すると消えずに表示されています。

4.7.4cで正しい奥行きで表示されるよう修正しました。

>4.7.4cで正しい奥行きで表示されるよう修正しました。

座標軸が正しく表示されるようになりました。
修正対応、ありがとうございます。