マグネットは操作対象が頂点のみとなるため、常にマウスに最も近い位置の頂点が選択されます。そのため、手前側の頂点よりも奥側の頂点のほうが近い場合はそちらが移動対象となるため、ハイライトされている頂点がどれかを確認して操作してください。

表示の、「前」ボタンを有効にすると正面から見えてる部分だけが選択対象になります。そちらを使ってみては如何でしょうか。
https://imgur.com/MvMyjGs

>マグネットは操作対象が頂点のみとなるため、常にマウスに最も近い位置の頂点が選択されます。そのため、手前側の頂点よりも奥側の頂点のほうが近い場合はそちらが移動対象となるため、ハイライトされている頂点がどれかを確認して操作してください。

早速のご回答ありがとうございます。
そうですよね。。
マグネットは比較的密集頂点を動かす時に使うのでせめてzオーダーが手前側のものを選択できると嬉しいなとおもった次第ですが、とりいそぎかしこまりました!

>表示の、「前」ボタンを有効にすると正面から見えてる部分だけが選択対象になります。そちらを使ってみては如何でしょうか。
>https://imgur.com/MvMyjGs

ありがとうございます。
やはりその使い方が正ですかね。
ご親切にありがとうございます。「前」ボタンを有効活用いたします。

>マグネットで頂点を選択すると常に一番とおい奥行きの頂点が選択されます。
>
>なんとかならないでしょうか。
マグネットで困ってて検索したところ、この管理者様の回答に辿り着きましたが、重なってる同位置の頂点がどうしてもズレて困ってます…
もし仕様でしたら、同位置で重なってる頂点はズレないようにするチェックボックスか何か欲しいと感じてます。

>マグネットで困ってて検索したところ、この管理者様の回答に辿り着きましたが、重なってる同位置の頂点がどうしてもズレて困ってます…

見た目で重なっているが奥行きの違う頂点を移動すると、手前と奥で頂点がずれるということでしょうか？
マグネットは３次元の距離で移動量が計算されるので、奥行きが違えば当然ずれます。
奥行きに関係なく移動したい場合、格子コマンドを使うなどしてください。

>見た目で重なっているが奥行きの違う頂点を移動すると、手前と奥で頂点がずれるということでしょうか？
>マグネットは３次元の距離で移動量が計算されるので、奥行きが違えば当然ずれます。
>奥行きに関係なく移動したい場合、格子コマンドを使うなどしてください。
はい、仰るとおり３Dで奥行が違う頂点（UV上は重なってる）を動かしたときのズレとなります。

とりあえず、格子コマンドによる移動でズレないことは確認できましたが、格子コマンドですと、MMDで顔の頂点が密集した部分（例：特にミラーリングしてUVを重ねた頂点など）には不向きに感じました・・

欠点
・調整したい頂点を１つづつ矩形か投げ縄で囲って選択
（奥の頂点が選択されないため）
・影響範囲を四角（4頂点）で制限されてしまう
　※ここでも１頂点づつ選択しないといけない

・・

一方、マグネットの場合
ブラシの中心を基点にショートカットで影響範囲を変えながら、ダイレクトに複数の頂点を移動できるため、繰り返しの操作も苦でなく直感的で非常にシンプル
※私の場合は「移動」に切り替えるのも面倒なため、１頂点だけ移動させるときも使用


以上の点で、マグネットで２D操作モード（スクリーン座標モード？）のチェックがオンなら、重なってる頂点（３D的には奥行がどんなに違っても）が絶対ズレない、2次元的な操作も可能になると非常に助かります。。