使っていない材質を出力したくないのでしたら、事前に削除してください。
材質パネルの「他」ボタン内の「未使用の材質を削除」で一括削除できます。

『使っていない材質の削除』は、あくまで「どのオブジェクトにも1度も使われていない」材質が削除できるだけで、出力するオブジェクトに不要な材質だったとしても、表示していない別オブジェクトに使用されていれば消えない機能だと認識しています。

大きなモデルになるとその分使用している材質も増えるため、使用していない材質をいちいち消去して出力→ctr+Zで元に戻すを繰り返す行為が非常に面倒であることや、上書き保存をミスしてしまうなど不意の事故が絶えません。
また、小さなデータであれば割り切ってテクスチャの種類ごとにmqoデータを作ってしまうことが可能ですが、大きなデータになるとバリエーションのためだけにほぼ同じようなmqoをいくつも出力することがデータの面からも非現実的で、更に後々微修正をかける場合には、1ファイルならまとめて移動すれば良い頂点も、複数のファイルに分けてしまったせいでそれぞれ修正作業しなくてはならなかったりします。

今はそのような状態で使っていますが、あまりに面倒なので「見えているオブジェクト(出力オブジェクト)」に使用している材質のみ出力することが出来ないか質問させて頂きました。