ClipStudioのボーンについてはまったく把握していないのですが、ちょっと調べるとMaya以外で出力したFBXだと「標準ボーンマッピングモード」というもので調整するような記載が見つかります。
現状はこちらを利用しているのでしょうか？

ご返答遅くなり申し訳ございません。
標準ボーンマッピングモードで動かせることを確認できていたのですが、公式からダウンロードできるサンプルのFBXモデル（body.fbx）をメタセコにインポートしたところ、ボーンの座標軸が公式のドキュメントに記載の向きと一部違う（親骨の直下にある骨のみ？）ので、なんでだろう…と悩ませてました。

サンプルがFBXデータなのもあり、その骨をテンプレートにして作成できたらカンタンかと思った次第です。

公式のサンプル
https://www.clip-studio.com/clip_site/download/clipstudiomodeler/clipstudiomodeler_top

最初のクリスタ専用で使用するサブPCから投稿した際、普段メタセコを使用するPCの投稿名で合わせるのを忘れてましたので、ご了承ください…

URL内を探してみたものの見当たらないのですが、サンプルのbody.fbxはどこにあるのでしょうか？

>URL内を探してみたものの見当たらないのですが、サンプルのbody.fbxはどこにあるのでしょうか？
お世話になっております。
お送りしたページが違ってたようで、確認不足で申し訳ございません。
以下のページ、中ほどにある「はじめに」の項目にあるリンクからFBXが落とせます。
ご検証のほど、よろしくお願いいたします。
https://tips.clip-studio.com/ja-jp/articles/1166

Ver4.8.1で子ボーンへの方向をどの軸にするかを「前方の軸の向き」で簡便に設定できるようになりました。
これで大丈夫なのではないかと思うのですが、実際にデータを用意してClipStudioへ持っていく検証まではできていないので、何か不都合な点などありましたらご連絡いただければ幸いです。

最新版での対応ありがとうございます！

知人を巻き込んで検証してましたので、遅くなってしまい大変申し訳ございません。

ひとまずVer4.8.1にて、サンプルデータをインポートして骨の軸の向きが正しく表示されていること、前方の軸の向きも調整できるのを確認できました！　現状ですと座標軸の表示サイズを大きくできないため大変見辛いですが非常にうれしいです！

ただし、ClipStudioに出力したところ以前と変わらず標準ボーンと仕様が違うみたいで、現状そのまま使用することができませんでした。

改めて、公式のサンプル（body.fbx）も確認しましたが、そちらはインポートするだけで問題なく使用できます

そこでMaya（バージョンは2019）を持ってる知人がおりましたので、公式のFBX（body.fbx)とメタセコから出したFBX（公式のbodyをインポートしてそのままFBX出力※公式推奨のバージョン201400)を検証してもらいました。

軸の向きは同じようでしたが、メタセコのFBXは空ノードがGroupというノード（FBXの仕様？）で出てないことが原因のようでした。

以下、検証結果
＜ClipStudio公式のサンプル（body.fbx）＞
骨の親ノード　→　reference_bb_という名前のGroupノード
メッシュの親ノード　→　girlA_groupという名前のGroupノードで、その下の階層にあるノードも、body_meshという名前のGroupノード
　
＜メタセコのFBX＞
骨の親ノード　→　reference_bb_という名前の空のMeshノード
メッシュの親ノード　→　girlA_groupという名前のMeshノードで、その下の階層にあるノードも、body_meshという名前のMeshノード

お手すきの際、改めてご確認、ご検証よろしくお願いいたします。

上記で＜メタセコのFBX＞の記載内容を間違えてましたので、以下内容で訂正いたします。

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＜メタセコのFBX＞

■公式のサンプルモデルをメタセコにインポート時の設定

　内部テクスチャをファイルに出力：しない
　光線読み込み：する
　未使用ノードを除外：しない
　バインドポーズを適用：しない（メタセコで骨が壊れたため）

メタセコにインポートした時点でMaya上の表示と違ってた部分：

＜オブジェクトウィンドウ内の階層※Mayaの階層と比較＞
reference_bb_
└　以下、Mayaと名称で相違なし（Mayaでは骨データのようです）

girlA_group
└body_mesh

だいぶ時間が経ってしまいましたが、検証結果を含めてVer4.8.2で多少対応を入れました。
9239の投稿にありましたように、空のノードについてはMeshとして出力されていたのをNullに変更しています。

body.fbxのインポート時に階層構造が異なる箇所については手動での修正が必要になります。
普通にインポートすると「reference_bb_」以下のツリーがオブジェクトとボーンの両方に重複してしまうので、インポート時のオプションで「未使用ノードを除去」するか、後でオブジェクトパネルでreference_bb_以下のオブジェクトを一括削除してください。
また、ボーンのツリーの先頭が「hips_bb_」になっていますが、元データでは「reference_bb_」の下に「hips_bb_」がぶら下がっているので、「reference_bb_」ボーンを追加して「hips_bb_」をその子にします。
これで元のデータ構造と完全に同じになるはずです。

ClipStudioModelerでの検証が少し触ってあまり問題なさそうという程度しか確認できていない（細かい部分の操作までわからないため）ので、改めてご確認いただければと思います。