お忙しい中、迅速なご回答を有難うございます。
>>板ポリゴンなど開いた形状では背面が黒くなります
閉じていると否とに関わらず、奥のオブジェクトの輪郭線が手前のポリゴン
を透過して表示されたり（半スケルトン状態）、時々ポリゴン面の『辺』が
チラチラ黒い線として薄く表示されたり、全般的に不要な黒線が発生します。
ちなみに、試しに基本図形を作ってみたら普通に表示されたので、法線が
絶えず変化するような有機的で複雑な形状の時にエッジがおかしくなるの
では…と思い、makehumanという人物モデル作成ソフトで作ったおじさんの
モデルをメタセコに読み込んでみたところ、やっぱり自分のモデルと同じ
ような異常表示になりました（開いている場所は閉じ、法線もリセット）。
他にもMMD付属の初音ミクや配布されているPMDモデルなど、色々読み込んで
テストしてみましたが、結果は同様でした。
それと再現条件が不明ですが、画面をアップ（拡大）すると何故か画面全体
が真っ黒になってしまう事もよくあって、細かい作業ができません。
（材質設定の輪郭線チェックを外すと直る）
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ただこれらを修正するのは大変そうですし、自分としては旧式PMDシェーダ
で充分なので、シェーダリストに以前のものを追加（復活）して頂くことは
出来ないでしょうか。
というか、新式の劇画調の野太い輪郭線よりも、旧式の掠れた輪郭線の方が
自分的にはMMDの細くて繊細な輪郭線のイメージに近いように感じるので、
全体的な出力イメージの把握としてはこちらの方が望ましいです。
という訳で、後回しで全然構いませんので、旧式PMDシェーダを復活をご検討
下さいますようお願い申し上げます（それまでは 4.8.5d で頑張ります）。