メタセコイアを起動し、ファイルー＞新規作成 をすると、ドキュメントに何も手を加えていなくても
「ドキュメントは変更されています。保存しますか？」の確認メッセージが出るようになります。

（掲示板の去年7月の投稿に同じ報告を見つけましたが、別件と一緒で
そちらが対応済になっていたので、新規投稿致しました。）