>メタセコ本体のウインドウにフォーカスがないとOnKeyDownが通知されないとのこと。

検証した結果、プラグイン独自にウインドウを作成した場合、そのウインドウがWM_KEYDOWNまたはWM_KEYUPを受け取った場合には、メタセコ本体のウインドウにSendMessage()などでキーボードメッセージを通知する必要があります。

その他のケースについては問題ないようですが、検証漏れの項目もあるかもしれませんので、もし問題がまだあればご投稿ください。