私も最初その現象で戸惑いました。
視点の設定だったか、なにかの設定で解決できたと思います。

「表示」-->「視点の設定」
で「奥行き感」あるいは「カメラ距離」のスライダを右側に

これで改善されるはずですが、
1/100スケールで編集して最終的に原点中心に100倍するほうがいいと
思います。どのみち他のCGソフトと連携する場合、Metasequoiaの尺は
意味をなさないので。

O.Mizno様へ
こういう対策tipsって公式ヘルプに最初から載っているといいかもしれないですね。
お時間ございましたら検討ください。