ただいまMETASEQUOIAを使わせていただいているのですが、不具合？というか乾かないことがあったので投稿させていただきます。

簡潔に言うと選択部処理が一部を除いてできません。
試してみたところ基本図形で出したものであれば可能なのですが、それを少しでも加工したもの、またはほかの方法を使って作った面などを処理しようとしても処理項目が選べません。
「頂点・辺・面を削除」「選択頂点をくっつける」「頂点の位置を合わせる」「頂点を平ら・でこぼこにする」「角を丸める」についてはいかなる場合でも問題なく選択できました。それまでこのようなことはなかったので仕様ではないかと思いますが・・・。

一応再インストールは試しましたが変わりませんでした。
バージョンはフリーのR2.4です。