2点あります

・移動コマンドなどで数値を直接入力するときにマウスカーソルを数値入力欄に置くと、
　xyz軸のうち1軸だけ数値が青色反転せずに入力を受け付けてくれないことがたびたび起こります。
　この現象が起こると数値入力欄右横にある上下の三角マークしか受け付けてくれません。
　一旦他のコマンドに操作を変えたり、絶対/相対ボタンを押しなおしたりいつも試行錯誤させられるのでいらいらします。

・プラグインをたくさん登録したとき（特に選択部処理）フローティングウィンドウ？が画面縦いっぱいに表示されますが、
　表示し切れなかったプラグインコマンドはフローティングウィンドウの上下の三角マークでスクロールして表示させることになります。
　Metasequoiaを全画面表示している場合、上側の三角がMetasequoiaのウインドウのタイトルバーと同じ位置になるのですが、
　ここで素早くスクロールさせようと三角マークを急いで押すとタイトルバーをダブルクリックしたことになってしまうみたいで、
　Metasequoiaのウインドウが小さくなってしまってものすごいいらいらします。
　不要なプラグインを整理すればいいのかもしれませんが・・・
　スクロール方式ではなく、Windowsのスタートからプログラムを選択する時のように
　フローティングウインドウを複数列表示させて選択するようにできないでしょうか？

以上の問題は以前使用していた他のPCでも発生していましたし、2.5βでも発生していました。Ver.2.4系でも経験していたような気がします。

Metasequoia 3.0α1
WindowsXP SP3 (32bit)
Core2Quad Q6600
Geforce 9600 (512MB)