良くやりがちなのは、Ortho表示で奥行き感が強めに付けていると、Perth表示の表示エリア外の部分が穴の開いたように表示される現象です。

この場合の確認方法は、表示を「Ortho」<>「Perth」で切り替えてやると、分かると思います。
また、視点のカメラがオブジェクトの中に入ってしまう場合も、穴が開いて表示されます。
Perthで表示されないポリゴンは、Orthoでも表示されません。

対処方法は、メニューバーの「表示」＞「視点の設定」で「奥行き感」を減らしてやることで、Perthの表示範囲がOrthoに近づき、Orthoで表示した時にポリゴンが消える現象が軽減します。

コレじゃなかったら、ちょっと分かりかねます。

ありがとうございます。
結局原因は分からなかったのですが、表示＞視点の設定でズームの奥行き感の設定をいじって最小にしたら解決しました。
とりあえずモデリングが完成するまでこれでやってみようと思います。

「視点の初期化」で直すのが、とりあえずメタセコ定番の対処法になってますよ。

大前提としては、
オブジェクトをあまり大きく作らない（最大部分でもXZ平面のグリッド以内に収める）
ようにすると、症状の発生率も下がります。

割と知られていないかもしれませんが、
色々操作しているうちに視野がおかしくなったという場合、
大抵は「選択部を視点回転の中心に」を複数回実行していることによります。

このメニューを呼び出すと画面上の見た目が変化しないことを優先させる結果として、視点と回転中心までの距離が変更されるので、
その後の視野回転時に回転中心から離れているポリゴンが相対的に遠くまたは
近くに表示されることになります。
結果として、初期状態よりもオブジェクトが近すぎて歪んで見える状態が生じます。
（逆に遠くなりすぎるケースもあるのですが、こちらはあまり気にならないのかもしれません）

上記現象の最も手っ取り早い解決策は既にレスが着いている通り視野を初期化してしまうことですが、
あとは視点コマンドで奥行き感やズームを調整することです。
三面図を表示しながら視点コマンドで操作すると画角や視点-回転中心間の距離などの関係が把握しやすいかと思います。